يعتبر المطر الحمضي ناتجاً مباشراً لقيام المحيط الجوي بتنظيف نفسه، إذ تقوم القطيرات الصغيرة من الماء التي تتكون منها الغيوم باقتناص الجسيمات المعلقة وآثار الغازات المذابة باستمرار،ومع تكثف هذه الرواسب من مياه الغيوم فانها
تغسل الملوثات وتزيلها من المحيط الجوي. ولا يمكن إزالة كافة بقايا الغازات بالترسيب،إذ نجد أن ثنائي أكسيد الكبريت (SO2) وأكاسيد النتروجين المنبعثة في الجو تتحول كيميائيا إلى مركبات تندمج بسهولة مع قطيرات الغيوم كحموض الكبريت والنتريك.
إن العمليات، التي يتم بها تحول الغازات إلى حموض تُغْسَل من المحيط الجوي،قد بدأت قبل بدء الإنسان بحرق كميات كبيرة من الوقود الأحفوري، وكذلك فإن
مركبات الكبريت والنتروجين تنبعث أيضاً من عمليات طبيعية مثل البراكين ومن نشاط جراثيم التربة.لكن نشاط البشر الاقتصادي جعل لهذه التفاعلات أهمية أكبر
بمراحل عما كانت عليه.ويستحث ضوء الشمس هذه العمليات التي تتحول بها الغازات إلى حموض، كما أنها تعتمد على مؤونة الجو الوافرة من الأكسجين والماء في الجو.